Het Gemeenschappelijk Controle-orgaan (GCO) is toezichthouder op de activiteiten van Europol om te waarborgen dat de rechten van burgers niet worden geschaad door de opslag, verwerking en het gebruik van persoonsgegevens bij Europol. Tevens ziet het GCO toe op de rechtmatigheid van verstrekkingen van informatie door Europol. In het onafhankelijke GCO zijn de toezichthouders van de nationale gegevensbeschermings autoriteiten uit de aangesloten lidstaten van de Europese Unie vertegenwoordigd. Voor Nederland is dat het College Bescherming Persoonsgegevens (CBP).
Omvangrijke ontwikkelingen in de Europese Unie op het gebeid van rechtshandhaving en gegevensbescherming hebben gevolgen voor Europol en kregen dan ook de nodige aandacht van het GCO. Tijdens een door het GCO georganiseerde conferentie in oktober 2006 waar over de toekomst van Europol centraal stond is bevestigd dat gegevensbescherming een wezenlijk onderdeel is van de manier waarop Europol opereert en dat respect voor het individu de sleutel vormt van het huidige en toekomstige succes van Europol als rechtshandhavende organisatie.